König Ludwig I., der mit der evangelischen Prinzessin Therese von Sachsen-Hildburghausen verheiratet war, ließ in „landesväterlicher Fürsorge“ in den Jahren 1845/1847 aus eigenen Mitteln von seinem Hofbaurat Friedrich von Gärtner ein kleines protestantisches Bethaus bauen. Gärtner war in Kissingen schon mit der Errichtung des Arkadenbaus und des Krugmagazins beschäftigt.
Im Jahr 1890 wurde die Kirche nach den Plänen von Professor August Thiersch (München) und des Schweinfurter Architekten Bruno Specht erweitert und im Oktober 1891 eingeweiht. Prinzregent Luitpold von Bayern besuchte den Kirchenneubau am 2. Juni 1894 während seines Kissingen-Aufenthalts.
Das Kircheninnere erhielt einen Fürstenstand, eine steinerne Kanzel und einen Taufstein, ausgeführt vom Bad Kissinger Bildhauer Valentin Weidner. Auch Fürst von Bismarcks Stuhl für seine 14 Kur-Aufenthalte ist noch vorhanden.